Сергей Шестернин проработал в органах прокуратуры 39 лет. Он начинал свой трудовой путь стажером в прокуратуре Железнодорожного района в 1978 г. после окончания дневного отделения юридического факультета Куйбышевского государственного университета. Закончив в 1979 г. стажировку, он начал работать следователем прокуратуры Железнодорожного района.

С 1982 по 1992 гг. Сергей Шестернин трудился прокурором-криминалистом отдела криминалистики следственного управления прокуратуры Самарской области. С 1992 по 1998 г. он работал начальником организационно-методического отдела следственного управления прокуратуры Самарской области. С 1998 года по 2004 он служил начальником следственного управления прокуратуры Самарской области. И с 3 декабря 2004 г. по 6 июня 2017 г. Шестернин работал заместителем прокурора Самарской области.

Прокурор области Константин Букреев отметил особый вклад Сергея Шестернина в дело борьбы с преступностью, укрепления законности и правопорядка, защиты прав и свобод жителей Самарской области.