На этапе подготовки на основе результатов КТ или МРТ производится планирование: строится 3D-модель нужного органа, выделяется целевая патология и опасные зоны (что нельзя задеть), планируются траектории введения инструментов хирурга в ходе операции.

Во время операции с помощью AUTOPLAN хирург контролирует положение инструмента, в режиме реального времени видит, достиг ли он расположения целевой патологии. Если что-то идет не так, система просигнализирует об этом.

Применяется AUTOPLAN в первую очередь в хирургии головного мозга и позвоночника, а также в эндокринной хирургии, травматологии и челюстно-лицевой хирургии. В 2022 году с помощью системы девушке, которая в результате травмы потеряла часть нижней челюсти, установили индивидуальный эндопротез, напечатанный на 3D-принтере. Протез тоже разработали и изготовили ученые Самарского медуниверситета. AUTOPLAN помог максимально точно его установить.

В зарегистрированной в январе 2023 г. новой версии системы добавлена дополнительная стойка с монитором, на котором дублируется информация с основного экрана. Ведь когда задействована большая хирургическая бригада, не все могут увидеть экран.

Система хирургической навигации AUTOPLAN уже используется в крупнейших медцентрах России: НМИЦ нейрохирургии им. Н.Н.Бурденко, Федеральном центре нейрохирургии в Тюмени, ГКБ им. С.П.Боткина, НИИ скорой помощи имени Н.В.Склифосовского и других.