Никита — тольяттинский воспитанник. По юношам играл за "Ладу", "Комету", "Комету-Юниор", "Ак Барс". В Молодежной хоккейной лиги защищал цвета казанского "Ирбиса" и "Сибирских Снайперов". В сезоне 2017/2018 набрал 47 очков (21+26) в МХЛ, получив шанс закрепиться в главной хоккейной команде Новосибирска.

В сезоне 2018/2019 Никита провел за "Сибирь" в КХЛ 58 матчей, набрал 25 очков (13+12). Тогда же он начал вызываться в олимпийскую сборную Россию для участия в различных турнирах. Всего в форме национальной команды сыграл 11 поединков, набрал 5 очков (2+3). В прошлом сезоне Никита Михайлов также выступал в "Сибири", в том числе и в плей-офф. Провел 36 игр, набрал 9 очков (4+5). Нынешний начал в другом клубе Континентальной хоккейной лиги — "Сочи": сыграл за южан в 9 встречах, очков не набрал.

В самарской команде Никита будет играть под номером 31.