В ходе проверки финансово-хозяйственной деятельности учреждения в 2012-2014 гг. выявлены нарушения и недостатки на сумму 31,8 млн руб., а также при использовании имущества Самарской области (в том числе земельных участков) общей стоимостью 57,5 млн рублей.
Информация, представленная региональным минсельхозом и ФГБНУ "Всероссийский НИИ садоводства им. Мичурина", свидетельствует о занижении показателей урожайности яблонь в 2-2,5 раза и, как следствие, о занижении выручки от реализации плодов.
В результате сделок по продаже недвижимого имущества причинен ущерб областному бюджету в размере 7,3 млн руб., денежные средства незаконно зачислены на счет учреждения и направлены на его текущую деятельность.

При этом договор купли-продажи не согласовывался с министерством имущественных отношений Самарской области.
В 2014 г. "Жигулевские сады" получили доходы в сумме 4,3 млн руб. от компенсации убытков по соглашению о временном занятии земельных участков, находящихся в постоянном (бессрочном) пользовании учреждения, под прокладку газопровода, которое должно было быть заключено соответствующим уполномоченным на то органом исполнительной власти Самарской области с зачислением сумм за возмещение убытков в областной бюджет.
В нарушение требований Федерального закона "О некоммерческих организациях" и устава учреждением в 2012-2014 гг. незаконно оказывались услуги по хранению имущества и внешнему контролю за состоянием базовых станций и антенно-фидерных устройств.
Установлены факты неправомерного и неэффективного использования государственного имущества.
Не обеспечена государственная регистрация имущественных прав учреждения:

1. права постоянного (бессрочного) пользования на 15 земельных участков общей площадью более 2 тыс. га кадастровой стоимостью 47,7 млн руб.;
2. права оперативного управления на 11 объектов недвижимого имущества балансовой стоимостью 3,3 млн руб., на девять из которых не оформлено право собственности Самарской области.

Земельный участок, находящийся у учреждения на праве постоянного (бессрочного) пользования, площадью 102 га в Красноярском районе, частично занят третьими лицами. При этом почти 1 га из них оформлен в частную собственность.
"Жигулевские сады" не используют семь объектов недвижимого имущества общей балансовой стоимостью 6,5 млн рублей. По обращению учреждения об изъятии части имущества соответствующее решение областным минимущества не принято.
По результатам контрольного мероприятия представление Счетной палаты внесено директору ГБУ СО НИИ "Жигулевские сады".
Отчет о результатах контрольного мероприятия направлен губернатору области и в Самарскую губернскую думу. Информация о результатах контрольного мероприятия направлена в региональную прокуратуру и в УФНС РФ по Самарской области.