К таким выводам пришли аудиторы Счетной палаты по результатам проверки использования средств областного бюджета. Так, в частности, пять из шести видов субсидий на общую сумму 207 млн рублей были выделены Ассоциации вузов "Самарский региональный научно-образовательный комплекс".

Министерство образования установило ограниченные критерии отбора НКО, приемлемые исключительно для этой организации.
Фактически Ассоциация вузов выступала посредником между министерством образования и федеральными образовательными бюджетными учреждениями при финансировании из областного бюджета их уставной деятельности в объеме 161,6 млн рублей. За счет указанных средств приобреталось и ремонтировалось федеральное имущество.

НП "Межвузовский международный центр образования и науки" получило в 2014 году 2,9 млн рублей на мероприятие по защите соискателями из Самарской области ученой степени PhD. При том, что обязательства были выполнены только на 29 тыс. рублей, центром были подписаны акты о выполнении работ и в полном объеме перечислены выделенные средства. Меры по возврату неиспользованных средств областного бюджета до настоящего времени не приняты.

Также подвергся критике механизм предоставления субсидий частным дошкольным образовательным учреждениям. Министерство не предусмотрело необходимый перечень документов для подтверждения получателями субсидий фактически понесенных затрат. При этом установленная отчетность является непрозрачной.

Министерством спорта были предоставлены субсидии НКО на сумму 2,35 млрд рублей. В результате проверки Счетной палаты было отмечено, что механизм предоставления субсидий НКО, определенный минспорта, не устанавливает предельных размеров субсидий, предоставляемых для компенсации расходов в связи с оплатой трансферных контрактов.

Также не предусмотрен необходимый перечень документов для подтверждения получателями субсидий фактически понесенных затрат. Результатом этого являются дополнительная нагрузка на областной бюджет и предоставление недостоверных документов получателями государственной поддержки.

Отчет о результатах контрольного мероприятия направлен губернатору Самарской области и в Самарскую губернскую думу.