Стефан Лончар — родом из Никшича, где игрок и начал свою профессиональную карьеру в составе местного клуба "Сутьеска", выступающего в высшем дивизионе чемпионата Черногории. Вместе с родной команды хавбек дважды становился чемпионом страны (2017/18, 2018/19) и обладателем Кубка Черногории (2016/17), в общей сложности проведя за "Сутьеску" 119 матчей (10 голов и четыре ассиста). В составе черногорского клуба он участвовал в матчах квалификации Лиги Чемпионов и Лиги Европы. Затем Лончар отыграл два сезона в элите хорватского футбола за "Истру 1961" (79 игр: 1+2), полтора сезона — за "Нови Пазар" в суперлиге Сербии (59 матчей: 3+5).

Последние полтора года Стефан защищал цвета "Дебрецена" (57 игр: 7+3), который минувший сезон завершил на пятой строчке высшего дивизиона Венгрии. Также спортсмен отыграл все квалификационные матчи Лиги Конференций против "Алашкерта" и венского "Рапида", отметившись забитым мячом в ворота армянской команды.

Стефан Лончар — игрок национальной сборной Черногории. В его активе значатся 13 матчей за "храбрых соколов": шесть в рамках квалификации ЕВРО-2024 и семь товарищеских.