Фернандес является воспитанником четырехкратного чемпиона своей страны — ФК "Блуминг" из Санта-Крус-де-ла-Сьерры, в составе которого он начинал свою профессиональную карьеру. Затем он поиграл в Испании за "Культураль Леонесу". Возвращение на родину случилось в 2020 г., но на этот раз в "Боливар", с которым Роберто выиграл чемпионат Апертуры боливийской Примеры в сезоне 2022.

Прошлый сезон Фернандес провел в аренде в калининградской "Балтике", с которой добрался до суперфинала FONBET Кубка России. В 40 официальных матчах за балтийцев он отметился двумя забитыми мячами и четырьмя голевыми передачами.

На международном уровне Фернандес дебютировал еще в составе юношеских сборных. За главную команду страны защитник принял участие в 37 матчах (1+2 по гол+пас) — Роберто сыграл на трех Кубках Америки.