Его обвиняли в трех фактах халатности (ч. 1 ст. 293 УК РФ). Анисимов занимал должность главы Ставропольского района с 13 апреля 2016 г. до 26 июля 2018 года. По версии следствия, 14 июня 2016 г. он заключил с ООО "Базис-С.А." муниципальный контракт на приобретение 13 квартир в с. Подстепки для предоставления детям-сиротам.

При этом Анисимов недобросовестно отнесся к своим обязанностям. Он не провел экспертизу приобретаемого жилья и подписал акт приема-передачи. При получении квартир их обследовали не специалисты и не в полном объеме. В итоге подрядчик получил более 14,6 млн рублей. Как выяснилось позже, жилье было построено с многочисленными нарушениями.

Второй эпизод халатности касается событий 2017 года. 18 июля Анисимов подписал новый контракт с "Базис-С.А.". На этот раз муниципалитет приобретал 11 квартир в Подстепках для сирот. По мнению следователей, проверяли и осматривали жилье так же недобросовестно, как и в первый раз. По этому договору подрядчик получил более 12,2 млн руб. за непригодные квартиры.

Третий эпизод халатности произошел примерно в то же время. По данным правоохранителей, районная администрация через тот же "Базис-С.А." закупила 20 квартир для переселения из аварийного жилья. Без надлежащих проверок и экспертиз помещения приняли в августе 2017 года. "Базис-С.А." получил более 28,5 млн рублей. В итоге и в этом жилье нашли потом многочисленные нарушения.

В суде Анисимов и его защитник просили прекратить производство по уголовному делу в связи с истечением сроков давности. Гособвинитель не возражал. Против была только одна из потерпевших. В итоге 20 мая уголовное дело прекратили. 31 мая это постановление вступило в законную силу.

25 июля 2018 г. после критики региональных властей Валерий Анисимов ушел со своего поста.