Андрея Спиридонова ранее обвиняли в халатности с причинением особо крупного ущерба. Согласно версии обвинения, он не подписал акты выполненных работ по госконтракту, который был заключен между министерством и РОСДОРНИИ.

По данным источников, ситуация изначально могла развиваться следующим образом. Госконтрактом была предусмотрена большая научная работа, которая касалась комплексного развития дорожно-транспортной сети региона. Там были учтены строительство мостов и развязок, настройка "умных светофоров" и их возможная синхронизация с работой операторов сотовой связи для лучшего анализа количества машин на светофоре. Но в сданной работе были недочеты.

Работавший на тот момент министр транспорта региона Иван Пивкин, по версии стороны защиты, потребовал, чтоб Спиридонов поставил подпись. Но тот отказался это делать из-за ошибок и отсутствия таких полномочий. Тогда подрядчики подали в суд. И пока спор не урегулировали, накапали пени порядка 29 млн рублей. Эту сумму сочли суммой ущерба и вменили ее Спиридонову. Защитник Спиридонова адвокат Михаил Семагин рассказывал журналисту Волга Ньюс, что Спиридонов должностным регламентом не был наделен соответствующими полномочиями. По словам юриста, в суде первой инстанции удалось доказать, что доверенность на Спиридонова была сфабрикована и представлена уже на следствии задним числом.

В итоге Спиридонова оправдал суд Октябрьского района Самары. Гособвинитель с решением не согласился и обжаловал его. Но 20 августа Самарский областной суд рассмотрел жалобу и оставил оправдательный приговор в силе.