Игоря Попова задержали в его кабинете 8 июля 2015 года. Следствие полагало, что военком хотел получить 10 млн руб. от подчиненного Евгения Лисянского за покровительство по службе, но потом уменьшил эту сумму до 2 млн рублей. Посредником в этой "сделке" выступал Николай Ксенафонтов.

20 декабря 2016 г. Автозаводский райсуд Тольятти признал Попова виновным в получении взятки в особо крупном размере и приговорил к девяти годам в колонии строгого режима и штрафу 100 млн рублей. Николаю Ксенафонтову дали четыре года "строгача" за посредничество во взяточничестве в особо крупном размере. В апреле 2017 г. апелляционная инстанция оставила приговор в силе, лишь снизила сумму штрафа Попову до 5 млн рублей.

Адвокаты Попова дошли до Верховного Суда. В итоге 20 декабря кассационная инстанция Самарского областного суда отменила приговор и направила дело на новое рассмотрение в Автозаводский райсуд. 16 февраля по итогам предварительных слушаний уголовное дело вернули в прокуратуру для устранения недостатков. Прокуратура оспорила это решение, и 10 мая 2018 г. дело все же поступило в суд Автозаводского района.

На втором суде экс-военком Попов вины не признал и заявил, что дело сфабриковано. Защита просила полностью его оправдать.

Гособвинение настаивало на 10 годах колонии строгого режима и штрафе 50 млн рублей. Ксенафонтову представитель прокуратуры просил назначить три года и четыре месяца колонии строгого режима.

В итоге 21 июня Попова приговорили к 6 годам 10 месяцам заключения в колонии строгого режима. Кроме того, он должен будет выплатить штраф 2 млн рублей. Также его на три года лишили права занимать определенные должности на госслужбе. Попова взяли под стражу в зале суда.

Николай Ксенафонтов получил три года и четыре месяца колонии строгого режима. Но с учетом нахождения под домашним арестом это наказание посчитали отбытым. Фигурант отправился домой из зала суда.